Впервые проект «Москва-Сити» возник в 1991 году. Сейчас здесь возведено 2 миллиона  квадратных метров недвижимости. До конца 2017 года будет построено построят еще 2,5 миллиона квадратных метров. Причем облик «Москва-Сити» очень сильно изменился с момента создания первого проекта застройки.

В 1991 году архитектор Борис Тхор предложил построить деловой район с небоскребами  рядом с «Экспоцентром», где в то время находилась промзона. Столичные власти одобрили идею и место постройки. Была сформирована команда архитекторов для создания комплексного проекта застройки.

Команда разделила весь участок на 20 частей и запланировала разбить в центре площадки парк с подземной парковкой под ним. Транспортная магистраль должна была вести к подземным стоянкам всех высоток. Планировалось, что башни будут построены вокруг парка в форме буквы U. По концепции команды, высотность зданий должна увеличиваться по спирали, приводя к самой высокой и простой по форме башне «Россия». Небоскребы второй линии вблизи от набережной должны были быть выше домов первой линии, так что для работающих на верхних этажах людей открывался бы захватывающий вид на воду.

Подобная концепция застройки давала свободу архитектору каждого отдельного небоскреба. Когда инвесторы выкупили земельные участки, они стали увеличивать высотность и объемы зданий по экономическим причинам, не согласуясь с общим проектом района. Таким образом, комплексный подход к застройке Москва-Сити не состоялся.

Перед началом застройки района была спроектирована инженерная часть комплекса, затем были реализованы все сети. В результате их объем в полтора раза превысил задуманные в первом проекте мощности. Однако когда стали появляться здания большего объема, чем планировалось, стало понятно, что заложенных мощностей со временем перестанет хватать. Транспортная система внутри района оказалась дееспособной, однако при выезде из «Москва-Сити» возникли сложности.

В результате из запланированного командой Бориса Тхора в «Москва-Сити» в 1997 году была возведена на набережной Тараса Шевченко «Башня 2000» и примыкающий к ней мост «Багратион». Все оставшиеся высотки не соотносятся с тем планом, который был создан вначале.

Так, не была воплощена в жизнь башня «Россия» высотой в 612 метров, которая должна была стать центром района. По экономическим причинам инвестор Шалва Чигиринский отменил строительство небоскреба по проекту британского архитектора Нормана Фостера. В результате на этом месте будут построены два 66-этажных здания не выше 287 метров с общей шестиэтажной основой. В 2014 году стало известно, что проектирование комплекса было отдано мастерской SPEECH.

Не будет построено здание мэрии Москвы высотой в 308,4 метров, поднимающееся на 72 этажа на участке № 15. Вместо него появится Grand Tower высотой 283,4 метров, связанный со станцией метро «Выставочная».

Также вместо парка возведен выставочно-развлекательный комплекс «Афимолл». А запланированное окончание строительства всех объектов «Москва-Сити» было перенесено с 2001 года на 2017 год. Сейчас объемы построенной и сданной недвижимости достигли отметки в 2 миллионов квадратных метров. В течение следующих трех лет будет построено 2,5 миллиона квадратных метров. Сейчас полностью закончены десять объектов «Москва-Сити». Среди них небоскребы «Башня 2000», «Евразия», «Башня на набережной», «Меркурий-Сити», «Город Столиц», «Империя», «Северная башня». Другие построенные объекты - это мост «Багратион», торгово-развлекательный центр «Афимолл-Сити», гостиница Novotel.

Всего к 2017 году на территории Москва-Сити будет возведено 23 объекта. Например, это будут высотки, чья сдача запланирована на 2014 или 2015 годы. В скором времени будут сданы башни IQ-квартал, «Эволюция» и «Федерация», а башня «ОКО» будет полностью закончена в 2015-2016 годах.